소득세법 제12조는 비과세 소득을 나열한 조항으로 2호에서는 비과세되는 사업소득, 3호에서는 비과세되는 근로소득과 퇴직소득, 4호에서는 비과세되는 연금소득, 5호에서는 비과세되는 기타소득을 열거하고 있다. 산학협력단이 지급하는 보상금에 관한 사항은 5호 라목의 2)에 적시되어 있다.

 

* 소득세법 제12조(비과세 소득) 5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 가. 「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」 또는 「보훈보상대상자 지원에 관한 법률」에 따라 받는 보훈급여금·학습보조비 및 「북한이탈주민의 보호 및 정착지원에 관한 법률」에 따라 받는 정착금·보로금(報勞金)과 그 밖의 금품 나. 「국가보안법」에 따라 받는 상금과 보로금 다. 「상훈법」에 따른 훈장과 관련하여 받는 부상(副賞)이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 상금과 부상 라. 「발명진흥법」 제2조제2호에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금 1) 종업원이 「발명진흥법」 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금 2) 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금 마. 「국군포로의 송환 및 대우 등에 관한 법률」에 따라 국군포로가 받는 정착금과 그 밖의 금품 바. 「문화재보호법」에 따라 국가지정문화재로 지정된 서화·골동품의 양도로 발생하는 소득 사. 서화·골동품을 박물관 또는 미술관에 양도함으로써 발생하는 소득

가. 소득세법 제12조 5호 라목은 2007.12.31자로 개정되어, 2008.1.1자로 시행되었는데 그 내용은 다음과 같다.

 

개정 전	2007.12.31 개정내용
라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금	라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여 지급되는 다음의 보상금 (1) 종업원이 「발명진흥법」 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금 (2) 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금

 

대학 교수의 발명에 대한 보상금은 이미 오래 전부터 “종업원의 직무와 관련된 발명”으로 비과세 대상이었다. 그런데 2003년 “산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률”이 제정되면서, 대학에 산학협력단이 설립되고, 동법 제27조에 따라 대학교수의 발명 취득 및 기술이전과 관련한 사항을 산학협력단에서 다루게 되었다.

나. 산학협력단은 대학의 장으로부터 산학협력과 관련된 일부 업무를 위임받아 설립된 1인 이사 특수법인이다. 그런데 별도법인인 산학협력단과 교수 사이에는 “종업원 관계”가 성립되지 않아, 그 동안 비과세 혜택을 받던 교수의 직무발명 보상금에 대한 비과세 혜택을 줄 수 없다는 논란이 발생했고, 이를 해결하기 위해 2007.12.31자로 소득세법 제12조 5호 라목을 상기와 같이 개정하였다.

다. 최근 감사원의 감사결과를 바탕으로 국세청은 지방 세무서를 통해 일선 대학에 ‘연구개발과제의 결과물을 기업체 등에게 사용하게 하고 그 대가로 지급받는 연구원들의 기술료 성과급에 대하여 근로소득으로 보아야 한다.’(울산 세무서 2011.10)는 의견을 제시했다가, 대학의 반발이 거세지자 ‘산학협력단이 교수 등에게 지급한 기술료는 원천세 과세대상으로 기타소득세 과세예고 합니다.’(2011.12.15 서대전 세무서)라는 과세예고 통지서를 보내는 등 혼란을 겪고 있다. 국세청 스스로도 산학협력단이 지급하는 보상금을 근로소득으로 봐야 하는지 기타소득으로 봐야 하는지 비과세에 해당되는 영역이 어디까지 인지 매우 혼란스러워하고 있다. 산학협력단이 지급하는 보상금이 비과세가 되기 위해서는 먼저, 기타소득에 해당되어야 하고(12조 5호), 종업원의 직무발명 보상금(12조 라목)의 범주에 포함되어야 한다. 그런데 산학협력단이 지급하는 보상금은 해석에 따라 근로소득이 될 수도 있고 직무발명 보상금이 아니라고 할 수도 있어 지금의 혼란이 야기하였다.

가. 출원 보상금 : 교수의 발명을 직무발명으로 신고하고 산학협력단 명의로 출원하였을 때 그에 따른 보상금(30~50만원)으로 일부 국립대에서 시행되고 있다.

나. 등록 보상금 : 직무발명으로 출원한 발명이 특허청에 등록되었을 때 지급하는 보상금(30~50만원)으로 일부 국립대에서 시행되고 있다.

다. 실시 보상금 : 직무발명으로 신고 된 교수의 발명이 기업체에 기술이전 되었을 때 입금된 기술료의 일정 비율을 관련법(기술이전 및 사업화 촉진에 관한 법률)과 대학의 규정에 따라 보상금(기술료의 50% 이상)으로 지급받는 것으로 거의 모든 대학에서 지급하고 있다. 실시보상금을 기술이전(기술료) 보상금이라고 부르기도 한다.

(사)한국대학기술이전협회의 회원대학(63개) 2012년 1월 실태조사(45개 대학 조사)에 따르면 기술료 보상금을 전체 대학이 기타소득으로 분류하고 있으며, 해당 기술의 등록 여부에 따라 비과세 여부를 결정하고 있다. 등록특허 기술이전 시 과세하는 대학 6개와 비과세하는 대학 39개로 나타난 반면, 출원특허의 경우 과세하는 대학 30개와 비과세하는 대학 15개로 나타나는 등 대학 산학협력단에서도 과세여부에 대해서 대단히 혼란스러워 하고 있다.

 

 

■ 조사결과
1. 기술료 보상금 지급 시 과세처리 방법
구분 근로 소득 기타소득(과세) 기타소득 (비과세) 등록특허 - 6 39 출원특허 - 30 15 노하우 - 33 14

 

산학협력단은 “산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률” 제32조 1항 4호에 따라 산학협력단의 재원 수입에 기여한 교직원 및 학생에게 보상금을 지급할 수 있다. 그 보상금 지급의 기준절차에 대해서는 동법 시행령 제22조에서 다음과 같이 밝히고 있다.

 

* 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제22조(보상금의 지급) ① 법 제32조제1항제4호에 따라 산학협력단의 재원 수입에 기여한 교직원과 학생에게 지급하는 보상금은 재원의 성격, 수입금액의 정도, 지급대상자의 기여도 등을 고려하여 지급액을 달리하며, 구체적인 지급기준은 정관으로 정한다. 다만, 보상금 지급에 관하여 다른 법령에서 따로 정하고 있는 경우에는 그에 따른다. ② 제1항에 따른 보상금은 산학협력단의 단장(이하 “단장”이라 한다)이 대학의 장의 승인을 받아 지급한다.

 

따라서 각 대학의 산학협력단은 정관에서 정한 바에 따라 재원 수입에 기여한 교직원과 학생에게 총장의 승인을 받아 보상금을 지급할 수 있는데, 대학교수의 기술이전에 따른 보상금과 기술지주회사로부터 배당을 받거나 그 자회사를 매각하여 수익이 발생했을 때 해당 기술의 발명자에게 지급하는 보상금이 주를 이룬다.

산학협력단에서 소속 교직원에게 지급한 보상금의 규모는 정확하게 파악되고 있지는 않다. 다만, 교육과학기술부에서 2011년 발간한 ‘2010 대학산학협력백서’에 따르면 산학협력단의 기술이전 수입료의 배분 현황은 다음과 같다.

 

 

동 조사는 전국 429개 대학을 대상으로 실시하여 그 중 391개 대학이 응답(91%)하였으며, 기술료 배분현황에 관해서는 91개 대학이 응답한 것으로 나타나 있다. 기술이전 실적이 있는 대학이 2010년 기준 92개 대학이므로 전수조사로 보아도 무방할 것이다.

<표2-67>에 의하며, 2010년 기술이전 수입료 총 378억 가운데 연구자 보상으로 197억(52.3%), 기여자 보상으로 7.7억(2.1%)을 지급한 것으로 나타나 있다. 대학에서 최근 기술지주회사를 설립하고 그 자회사를 만들고 있으나 아직까지 설립 초기 단계인 점을 고려해 볼 때 산학협력단이 지급한 보상금은 200억을 조금 넘어서고 있는 것으로 추측된다.

만약, 보상금 전체를 기타소득으로 처리하였다면 그 세액은 200억 * 4.4% = 8억8천만원 정도일 것이다. 개인별로 보상금 규모가 큰 경우 종합과세 대상이 되어 추가 세액이 발생할 수도 있다.

산학협력의 중요성은 매우 크다. 대학에서 개발한 기술이 연구실에서 사장되지 않고, 기업에게 이전되거나 창업을 통해 사업화를 이룬다면 이는 기업의 기술경쟁력을 강화하는데 큰 이바지를 할 것이다. 기술이전촉진법이 제정된 2000년 이후 지난 10여 년 간 교과부 뿐만 아니라 지경부, 중기청, 특허청 등 범정부 부처에서 산학협력을 장려하고 강화하기 위한 많은 노력을 기울여 왔다. 그런데 최근 국세청에서 기술료 보상금을 근로소득으로 보겠다는 의견은 대학 뿐 아니라 발명자 교수의 원성을 받고 있다. 한 발 물러서 기타소득으로 과세한다는 것도 일반 기업에서 종업원의 직무발명에 대한 보상금을 비과세로 처리하는 것과 비교해 볼 때, 불평등 과세의 요소가 있다.

과학고의 인재들과 KAIST 졸업생, 서울대 공대 졸업생 등이 공학의 길을 포기하고 의학전문대로 진학하는 현실은, 자원이 빈약하고 기술의존도가 매우 높은 우리나라의 미래를 어둡게 한다. 이공계열 교수가 사업성이 높은 기술을 개발하고 이를 기술이전 하여 많은 보상금을 받는 스타 교수로 탄생되는 모습을 보여주는 것이야말로 산학협력을 강화하는 가장 좋은 정책이 될 것이다.

논란이 되는 법 조항의 위치를 이동하면 간단하게 해결될 수 있다. 즉 소득세법 제12조 5호 라목의 (2)에 위치한 조항을 소득세법 제12조 6호로 독립시켜 산학협력단에서 대학 소속 교직원 및 학생에게 지급하는 보상금 전체를 비과세로 처리하면 된다.

 

현행 소득세법 12조	개 정 안
제12조(비과세소득) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 1. 「신탁법」 제65조에 따른 공익신탁의 이익 2. 사업소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 4. 연금소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 라. 「발명진흥법」 제2조제2호에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금 1) 종업원이 「발명진흥법」 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금 2) 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금	제12조(비과세소득) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 1. 「신탁법」 제65조에 따른 공익신탁의 이익 2. 사업소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 4. 연금소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 6. 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금